Nach dem Publikationsvorgang liegen die publizierten ADONIS-Modelle im vorbestimmten Verzeichnis des Dateisystems. Die Datei- und Ordnerstruktur in diesem Verzeichnis sieht dabei wie folgt aus:

Direkt im Publikationsverzeichnis befindet sich eine HTML-Datei mit dem Namen, der bei der Dokumentationsgenerierung vergeben wurde: <Dateiname>.html. Die Datei ist die Startseite der Publikation.

Das Unterverzeichnis \documents wird nur angelegt, falls bei der Publikation die Option "Referenzierte Dokumente mitkopieren" gewählt wurde und enthält diese Dokumente. Im Unterverzeichnis \images sind die Modellgrafiken der publizierten Modelle zu finden (je drei, falls die Option "Zoomstufen generieren" gewählt wurde, ansonsten je eine). Die Unterverzeichnisse ID <Nummer> enthalten die spezifischen Dateien für je ein bestimmtes Modell. Die Inhalte der restlichen Unterverzeichnisse dienen zum Aufbau der HTML-Benutzeroberfläche und ihrer Funktionen.